东京、大阪、京都发生了5名男子相继被杀的事件。5人是盯上古美术品的盗窃团“源氏萤”的成员，相互以义经和他的随从的名字称呼。剩下的是义经、弁庆、伊势三郎三人。

柯南和被委托解决其他佛像盗窃案的毛利小五郎一起来到京都，遇到了追踪源氏萤事件的服部平次，并开始了行动。但是，服部平次被弓狙击了。为了寻找犯人，两个名侦探在京都的小镇上疾驰。